技术概述
通过 LiP-MS 与分子对接相结合，精准鉴定化合物与靶蛋白的结合位点。LiP-MS 可检测药物结合后蛋白构象变化导致的酶解位点改变，分子对接可预测药物在蛋白上的结合模式，两者结合可精确定位结合位点。
技术原理
LiP-MS：药物结合后蛋白构象变化导致蛋白酶酶解位点暴露或隐藏，通过质谱分析可检测肽段丰度变化。分子对接：基于蛋白三维结构，计算药物与蛋白的结合模式。
实验流程
- 1. 蛋白样品制备与药物孵育
- 2. 限制性酶解（低浓度蛋白酶）
- 3. 质谱分析与肽段丰度比较
- 4. 酶解位点变化区域定位
- 5. 分子对接模拟与结合模式预测
- 6. 结合位点验证与关键残基鉴定
实验目的
- 定位药物在靶蛋白上的结合位点
- 鉴定关键氨基酸残基
- 解析药物-蛋白相互作用模式
- 为药物优化提供结构依据
应用领域
- 先导化合物结合模式分析
- 药物作用机制研究
- 基于结构的药物设计
- 突变体设计验证
