技术概述
通过交联质谱（XL-MS）与分子对接相结合，鉴定两个纯蛋白间的互作位点。交联质谱可提供蛋白间距离约束信息，分子对接可预测蛋白复合物结构，两者结合可精确定位互作界面。
技术原理
交联质谱：使用化学交联剂（如 DSS、BS3）连接相互靠近的氨基酸残基，通过质谱分析交联肽段，获得蛋白间距离约束信息。分子对接：基于蛋白三维结构和交联约束，预测蛋白复合物的组装模式。
实验流程
- 1. 蛋白样品制备与纯化
- 2. 蛋白混合与孵育
- 3. 化学交联反应
- 4. 酶解与肽段分离
- 5. 质谱分析与交联鉴定
- 6. 分子对接与互作界面预测
实验目的
- 鉴定蛋白-蛋白互作界面
- 定位关键氨基酸残基
- 解析蛋白复合物组装机制
- 为 PPI 抑制剂设计提供依据
应用领域
- 蛋白复合物结构研究
- 信号通路机制解析
- PPI 抑制剂设计
- 抗体表位定位
